Trong năm 1862 và 1863, giai đoạn khó khăn nhất của cuộc Nội chiến và nhiệm kỳ tổng thống của ông, những phát biểu của Lincoln đôi lúc có ngụ ý tâm linh.

1862: Mất người thân và Bản Tuyên ngôn Giải phóng Nô lệ

Thứ Năm, ngày 20 tháng 2 năm 1862, vào lúc 5 giờ chiều, con trai mười một tuổi của Lincoln, William Wallace Lincoln (William), chết trong Tòa Bạch Ốc. Giới sử học cho rằng đây là cuộc khủng hoảng lớn nhất trong đời ông. Sau khi chôn cất con, Lincoln cố quay lại cuộc sống thường nhật, nhưng không thể. Một tuần lễ sau đám tang, ông tự giam mình trong văn phòng và khóc suốt ngày. Vài người thuật lại rằng Lincoln bảo cho họ biết tình cảm tôn giáo của ông đã thay đổi vào thời điểm ấy. Willie thường bảo cho biết cậu muốn sau này trở thành mục sư.[12] Khi con trai lìa đời, Lincoln được thuật lại nói rằng, "Con trai bé bỏng của tôi. Nó quá tốt lành để sống trên đất. Chúa đã gọi nó về nhà. Tôi biết rằng sẽ tốt hơn cho nó trên thiên đàng."[13][14]

Gia đình Lincoln cũng thử nhờ đến thông linh học (spiritualism), đang thịnh hành trong thời kỳ ấy. Bà Lincoln đã sử dụng các dịch vụ cầu đồng để cố liên lạc với đứa con đã mất. Người ta cho rằng ít nhất một lần Lincoln đã tham dự một buổi cầu đồng với Bà Lincoln tại Tòa Bạch Ốc.[15]

Ngay lúc ấy, cuộc Nội chiến trở nên bất lợi đối với phe Liên bang. Sự thất bại của Tướng George McClellan xảy ra chỉ trong vòng vài tháng sau khi Wille lìa đời. Kế đến là chiến thắng đầy ấn tượng của Robert E. Lee trong chiến dịch Second Battle of Bull Run. Lincoln viết, "Khi biết chắc rằng không còn chỗ nào khác để đi, nhiều lần tôi phải quỳ gối [để cầu nguyện]."[16][17]

Theo Salmon Chase, khi đang chuẩn bị công bố bản Tuyên ngôn Giải phóng Nô lệ, Lincoln nói, "Tôi long trọng hứa trước Chúa rằng nếu Tướng Lee bị đánh bật khỏi Maryland tôi sẽ vinh danh kết quả này bằng cách tuyên bố tự do cho nô lệ." [18]Ngay lúc ấy, Lincoln ngồi xuống tại văn phòng và viết những dòng này:

Khái niệm này tiếp tục chi phối những nhận định của Lincoln suốt trong phần còn lại của cuộc chiến. Cũng ẩn dụ thần học này lại xuất hiện nổi trội trong bài Diễn văn Nhậm chức lần thứ hai của Linconln vào tháng 3 năm 1865:

1863: Gettysburg

Cuối năm 1862 đến đầu năm 1863 tình hình càng khó khăn hơn cho Lincoln. Sau khi Tướng Ambrose Burnside bị đánh bại tại Fredericksburg là sự thất trận của Tướng Joseph Hooker tại Chancellorsville khiến Lincoln trở nên trầm cảm. "Nếu còn có chỗ nào tệ hại hơn địa ngục thì đó là nơi tôi đang ở," Lincoln nói như thế với Andrew Curtin vào tháng 12 năm 1862.[21]Năm 1863 là lúc tình thế xoay chiều có lợi cho Liên bang. Trận Gettysburg trong tháng 7 năm 1863 là lần đầu tiên Tướng Lee thực sự nếm mùi thất trận. Từ chiến dịch vận động của Sarah Josepha Hale,[22] mùa thu năm ấy, Lincoln ban hành sắc lệnh liên bang công bố thứ Năm cuối cùng của tháng 11 mỗi năm cử hành Lễ Tạ ơn. Nhắc lại những thành quả trong năm vừa qua, Lincoln nói,

Tháng 12 năm 1863, Bộ trưởng Ngân khố của Lincoln cho khắc câu khẩu hiệu mới vào tiền đồng của Hoa Kỳ. Mặc dù sự tham gia của Lincoln vào quyết định là không rõ ràng,[24] câu "In God We Trust" phù hợp với niềm tin tôn giáo của Lincoln vào thời điểm ấy.

Khi một mục sư nói với Lincoln rằng ông "hi vọng Chúa ở với phía chúng ta," Tổng thống trả lời, "Tôi hoàn toàn không quan tâm về điều này...Nhưng nỗi lo và lời cầu nguyện của tôi là tôi và đất nước này cần ở về phía với Chúa." [25]

Tháng 11 năm 1863, Lincoln đến Gettysburg, Pennsylvania để tham dự lễ cung hiến nghĩa trang dành cho hàng ngàn chiến sĩ trận vong ở đây. Ông đã đọc bài Diễn văn Gettysburg nổi tiếng, bày tỏ niềm hi vọng rằng đất nước "dưới sự quan phòng của Thiên Chúa" sẽ sản sinh nền tự do mới. Có lẽ câu "dưới sự quan phòng của Thiên Chúa" không có trong bản viết tay nhưng được thêm vào khi Lincoln đứng trên bục diễn thuyết.[27] Theo các học giả, chắc chắn Lincoln đã trích câu ấy từ George Washington.[28]Sau này, bởi sự vận động của George MacPherson Docherty, năm 1954 Doherty là quản nhiệm Nhà thờ Trưởng Lão New York Avenue (nơi gia đình Lincoln từng được dành sẵn một hàng ghế), câu nói này được đưa vào Lời Tuyên thệ Trung thành của Hoa Kỳ.

1864

Năm 1864, khi được những cựu nô lệ ở Maryland gởi tặng một quyển Kinh Thánh, Lincoln trả lời: "Về quyển sách vĩ đại này, tôi phải nói rằng, đây là món quà quý nhất Thiên Chúa ban tặng cho loài người. Tất cả những điều tốt nhất Chúa Cứu Thế ban cho thế gian đều được chuyển tải qua quyển sách này. Song chúng ta không thể gạn đục khơi trong. Mọi sự đáng mong đợi nhất cho phúc lợi của con người, ngay bây giờ và về sau, đều được miêu tả trong quyển sách này."[29]

Tuy nhiên, phản ứng trước sự kiện này, một đồng sự của Lincoln, William H. Herndon phát biểu, "Tôi quan ngại về sự giả mạo khi người ta cho rằng Ông Lincoln đưa ra một nhận xét thiếu sáng suốt như thế trong năm 1864, khi những người da màu ở Baltimore trao tặng ông một quyển Kinh Thánh. Không một người tỉnh táo nào lại buông ra những lời xuẩn ngốc như thế và không một người tỉnh táo nào lại chịu tin chúng."[30]

Tháng 9 năm 1864, Lincoln viết trong thư gởi một tín hữu Hội Anh em, "Mục đích của Đấng Toàn Năng là trọn lành, và phải thắng hơn, mặc dù chúng ta, con người thường sai lầm và sẽ chết, có thể không thể hiểu trước mục đích ấy. Chúng ta mong đợi sự kết thúc có hậu và sớm sủa cho cuộc chiến kéo dài này; song Chúa biết điều gì là tốt nhất, và Ngài vẫn tể trị...chúng ta phải hành động hết sức mình dưới sự soi sáng của Ngài, tin tưởng rằng hành động như thế sẽ dẫn đến kết cục tốt đẹp như Ngài đã định. Chắc chắn rằng Ngài đã dự định những điều tốt lành theo sau sự hỗn độn khủng khiếp này, đó là điều không con người hữu hạn nào có thể làm, và có thể chịu đựng." [31]

Ngày 4 tháng 3 năm 1865, trong bài diễn văn nhậm chức lần thứ hai, Lincoln nhắc nhở người dân Mỹ về đức công chính của Thiên Chúa khi Ngài cho phép cuộc chiến đẫm máu cứ tiếp diễn, ngược với mọi ước mơ và nguyện cầu của họ, như là sự đoán phạt vì cớ sự ngược đãi kéo dài hàng trăm năm đối với những người anh em da màu:

1865: Sách Tưởng niệm

Sau vụ ám sát Lincoln, một cuốn sách tưởng niệm, "The Lincoln Memorial Album-Immortelles", được mở ra để người dân viết những suy nghĩ của họ, trong đó có những đề cập đến niềm tin của Lincoln. ‘’Entry’’ của một mục sư Trưởng Lão tiếng tăm, John H. Barrows, xác nhận rằng Lincoln đã trở thành tín hữu Cơ Đốc khi ông ở Washington. Barrows viết, "Trong lúc tình hình chiến sự đang bất ổn rất nghiêm trọng, ông ấy dần vươn đến những đỉnh cao nơi Đức Giê-hô-va trở nên thực thể siêu phàm đối với ông, là đấng cai trị các dân tộc. Khi viết bản Tuyên ngôn bất hủ, ông không chỉ nhắc đến ‘sự phán xét dành cho nhân loại’, nhưng cũng nói tới "sự độ lượng nhân từ của Chúa Toàn Năng.’ Khi bóng tối bao phủ những đạo quân dũng cảm đang chiến đấu cho sự sống còn của dân tộc, con người mạnh mẽ này từ lúc sáng sớm đã quỳ gối chiến đấu trong sự cầu nguyện với Đấng định đoạt số phận của các đế quốc. Khi những đám mây bay cao trên bãi chiến trường Gettysburg đẫm máu, ông hướng lòng mình về Chúa Giê-xu Cơ Đốc. Khi đọc bài diễn văn vô song trên mặt trận chủ chốt này của cuộc chiến, ông đã bày tỏ quyết tâm rằng ‘dân tộc này, dưới sự quan phòng của Thiên Chúa, sẽ sản sinh một nền tự do mới.’ Và ông đã đem vào bài Diễn văn Nhậm chức sau cùng của mình khẩu khí cao thượng của những vần thơ Hebrew cổ của một thi thiên." [34]

Một entry khác được cho là của "một mục sư ở Illinois" (không đề tên trong khi hầu hết entry đều có tên) viết, "Khi rời khỏi Springfield tôi xin mọi người cầu nguyện cho tôi, nhưng tôi không phải là tín hữu Cơ Đốc. Khi chôn cất con trai, thử thách khắc nghiệt nhất trong đời tôi, tôi vẫn không phải là tín hữu Cơ Đốc. Nhưng khi đến Gettysburg và nhìn thấy mộ phần của hàng ngàn chiến sĩ của chúng ta, tại đó và vào thời điểm ấy, tôi đã cung hiến mình cho Chúa Cơ Đốc. Vâng, tôi thực sự yêu Chúa Giê-xu."[35]

Người ta tin rằng đây là câu trả lời của Lincoln gởi đến một mục sư ở Illinois khi được hỏi xem ông có yêu Chúa Giê-xu. Một vài phiên bản của entry này cho thấy Lincoln dùng từ "thập tự giá" thay vì "mộ phần", những phiên bản khác nói "Chúa Cơ Đốc" thay cho "Chúa Giê-xu". William Eleazar Barton trích dẫn phiên bản này trong "The Soul of Abraham Lincoln" (1920), và viết thêm, "Lời tâm sự này lẽ ra đã xuất hiện trong dạng ấn bản ngay sau khi Lincoln từ trần, bởi vì tôi thấy nó được trích dẫn trong những bài diễn văn tưởng niệm trong tháng 5 năm 1865. Ông Oldroyd đã cố giúp tôi bằng cách tìm xem ông đã đọc nó trong tác phẩm nào và nguồn gốc của nó, nhưng không có kết quả. Có thể không có nó, cũng không có lời chứng thích hợp nào về nó. Chắc là nó đã hoàn toàn bị lãng quên. Lần đầu nó được nhắc đến là khi tôi đọc một câu chuyện, trong đó Lincoln được cho là đã nói với một mục sư không được nêu tên ở Illinois, "Tôi thực sự yêu Chúa Giê-xu" là trong một bài giảng luận của Mục sư W. W. Whitcom ở Nhà thờ Baptist Oshokosh, Wisconsin, ngày 19 tháng 4 năm 1865, rồi được đăng trên tờ Oshkosh "Northwestern" ngày 21 tháng 4 năm 1865, đến năm 1907 nó xuất hiện trong một tiểu luận của John E. Burton."[36]

Tuy nhiên, điều tra của Barton vẫn còn thiếu sót. Nó được trích dẫn lần đầu bởi Tuần san Freeport, ngày 7 tháng 12 năm 1864.[37]

Sự kiện bản văn này xuất hiện trước khi Lincoln từ trần đã được khẳng định bởi một bức thư của Benjamin Talbot, ngày 21 tháng 12 năm 1864.[38] Thư của Talbot nói rằng lẽ ra Lincoln đã nên quan tâm đến việc ông đã được trích dẫn nói rằng, "Tôi thực sự yêu Chúa Giê-xu." Không có chứng cứ nào cho thấy Lincoln đã hồi âm thư của Talbot.